İnsan bağırsağında karmaşık bir mikrobiyal topluluğu tanımlayan milyonlarca mikrop bulunur. Bağırsak mikrobiyotası, diğer organlarla çok yönlü bağlantı eksenini oluşturan hayati bir organ olarak karakterize edilmiştir. Bu bağırsak mikrobiyota ekseni, konakçı-mikrop etkileşimlerinden sorumludur ve nöral, endokrinal, humoral, immünolojik ve metabolik yollarla iletişim kurarak çalışır. İnsan bağırsağı mikroorganizmaları (çoğunlukla patojenik olmayan) simbiyotik konakçı ilişkilerine sahiptir ve genellikle konağın patojenik istilaya karşı savunma bağışıklığı ile ilişkilidir. Bu nedenle bağırsak mikrobiyotasındaki disbiyoz, anksiyete, depresyon, hipertansiyon, kardiyovasküler hastalıklar, obezite, diyabet, inflamatuar bağırsak hastalığı ve kanser gibi çeşitli insan hastalıklarıyla bağlantılıdır. Hastalığın gelişimine yol açan mekanizmanın insanlarda bağırsak mikrobiyotası, metabolik ürünler ve konakçının bağışıklık tepkisi ile önemli bir ilişkisi vardır. Bağırsak mikrobiyotası üzerindeki mekanizmaların anlaşılması, bunun olumlu veya zararlı etkilerini büyük ölçüde tanımlanmamıştır. Bununla birlikte, dünya çapında yürütülen birçok yeni klinik çalışma, belirli mikrobiyal türler ile eubiosisin sağlık ve hastalıktaki ilişkisini ortaya koymaktadır. Bağırsak mikrobiyotası etkileşimlerinin kapsamlı bir şekilde anlaşılması, bunun sağlık ve hastalıktaki rolü ve konuyla ilgili son güncellemeler, bu derlemenin dikkat çekici konularıdır.